生物动态光学成像核心黄岩谊、汤富酬课题组开发单细胞全转录组测

2014-07-03 16:21  北京大学EMBA研修班   未知
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编纂:舍予

单细胞测序利用新一代的测序技术来分析单个细胞内的基因信息,成为解读单细胞的最佳工具。单细胞全转录组测序是单细胞高通量测序需要量最大的利用,它所测定的是单个细胞内所有基因的表达量,同时还可以测定除了mRNA分子外,其他长非编码RNA(lncRNA)以及小RNA的含量,定量获取单个细胞完全的表白谱。目前采取的新一代测序技术中,绝大多数方法都须要特定的前处置过程,制备“测序言库”。而针对单细胞样品,已有的方法均存在良多缺点,导致检测灵敏度不高、基因抒发信息丧失严峻、技术噪音高、操作失误率高、反复性差。

Aaron M. Streets, Xiannian Zhang, Chen Cao, Yuhong Pang, Xinglong Wu, Liang Xiong, Lu Yang, Yusi Fu, Liang Zhao, Fuchou Tang, Yanyi Huang. Microfluidic single-cell whole transcriptome sequencing. PNAS, early edition published online (2014)

黄岩谊博士同时任北京大学工学院教学,汤富酬博士同时任北京大学性命迷信学院研究员。黄岩谊组博士后Aaron Streets博士、赵亮博士和研讨生张先念为论文的重要作者。这一工作得到了国家科技部973打算、863规划、国度天然科学基金委及霍英东教导基金会的赞助。

通过对多少十个细胞的分析表明,这一办法可以有效地打消转录组高度动态特征所带来的丈量差别,实现对单细胞异质性的分析和断定。通过多个细胞较低深度的转录组测序,可以获取比等同本钱下单个细胞精深度测序更主要的细胞异质性信息,而更好地展示生物系统的庞杂性、随机性和动态过程。而通过微流控芯片上的准确细胞操控和自动俘获进程,还可以解脱其余相似方法中随机俘获的局限性,实现对极其少量细胞的完整俘获和反响前的表型察看,以更好地舆解和验证单个细胞的异质性。与已有的技术比拟,这一工作展现了目前最好的单细胞转录组测序检测敏锐度和平行性。

论文链接:

汤富酬课题组主页:

为懂得决这一抵触,两个课题组配合开发了新的文库制备方式,将最要害的单细胞转录组文库构建步骤集成在一个微流控芯片上,能够同时进行多个样品的操作。这一技巧的开发,大大减少了试剂用量,在反映效力得到晋升的同时极大地克制了传染的产生,还减少了操作误差,实现了更高的牢靠性跟更好的平行性。

2014年4月29日,生物动态光学成像核心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing的论文。该研究应用微流控芯片技术实现了高品质单细胞的全转录组测序样品筹备,全面进步了单细胞全转录组剖析的正确性和可靠性。

细胞是生命运动的基础功效单位,财务管理,而在生物体内不任何两个细胞是完全雷同的。传统的生命科学与医学研究,绝大多数情形下都是针对混杂的大量细胞进行的,无奈视察到单个细胞之间轻微的差异。近年来一直发展的试验技术,供给了更加定量与客观的证据,表明在很多症结生命过程例如胚胎发育、细胞分化、疾病发生与发展等过程中,特定的单个细胞行为,以及其间的个体化差异与异质性,导致了极其重要甚至是决议性的结果。而之前基于大批细胞均匀测量所取得的成果并无法准确反应复杂生物体制的全面实在信息,重大掩饰了独破个体样本的行为以及生命景象中大量存在的随机行动。针对单个细胞的研究,是细胞生命分析技术所寻求的极限状况,是对传统技术极大的挑衅。

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黄岩谊课题组主页:

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